Od 1790. do 1793. godine Džeferson je državni sekretar u Stejt dipartmentu u kabinetu prvog americkog predsjednika SAD Džordža Vašingtona. Njegove simpatije za francusku revoluciju dovode ga u konflikt sa rojalistom Aleksanderom Hamiltonom (takode državnim sekretarom, ali za trezor!). Zanimljivo je da je Hamilton, uoci inauguracije, Vašingtonu predlagao da Sjedinjene Americke Države budu carstvo! Džeferson se 1793. vraca kuci u Virdžiniju. I dok svi ocekuju da bude umirovljenik u rodnom Monticel .....