Al Kaida je ucestvovala u ratu u BiH od 1992. do 1995. godine i na tom podrucju je, zapravo, i oblikovana kao moderna teroristicka organizacija. Ovo tvrdi Džon Šindler, profesor Americkog mornarickog koledža i autor knjige o terorizmu, u intervjuu za "World Magazine", navodeci da je clanove Al Kaide u BiH pozvala tadašnja vlast, te da su u BiH imali kampove za obuku. U svojoj knjizi Šindler je napisao da je rat u BiH možda jedini konflikt savremenog doba koji je pogrešno predstavljen u svijetu. .....